国内做网站自然排名优化的话，主要做的是百度搜索引擎，所以一般就以百度为代表说一下网站被引擎惩罚的一些原因分析主要是针对站内的。对于网站来说的话，在做优化的时候我们不外乎是分为站内跟站外。同样的话，当我们受到百度的惩罚的时候，也不外乎站内跟站外出来意外，惹恼了百度。所以的话在这里讲解网站被百度惩罚的原因分析的时候，最为主要的还是讲解站内的。
首先说一下站内，如果网站挨百度惩罚的话，那么很大一部分的原因可能是出于站内。可以这样来做一个逆向的思考，如果因为站外的因素而使得自己的网站被受惩罚的话，那么因为站外因素的一个可操作性(比如说是，群发外链等)，就可以操纵站外的一些因素来击倒对手，那么就会比较的容易造成一个恶性的循环。这样的操作是觉得的不利于互联网上面的健康环境的，所以应该来说的话，百度是不会做这样的傻事的。
对于站内的话，因为是自己的网站，所以自己比较的容易控制。一定程度的技术优化比如说突出关键词，对于网站的优化，百度的识别是比较的有帮助的。但是从另外一面来看的话，因为技术的优化能够对网站的自然排名有帮助，那么为了更加突出自己的网站，很轻易的就会造成了过度的一个技术优化。比如说之前经常会出现的关键词堆砌就是这样的一个问题。而在早些年的时候在首页keywords上面堆很多的关键词，或者在标题上堆砌很多的关键词，确实能够在百度的自然排名中有一个比较好的效果。但是随着引擎的算法更新，这样的一个做法现在来看是越来的越不明智了。同样的以增加关键词密度为目的的增加一个隐藏的内容来给百度看，这样也是不明智的。
对于站内的优化的话，内链的分布不合理同样也是百度进行惩罚的一个很重要的原因。其中包括比较广为人知的蜘蛛陷阱，同样也是因为内链无法被百度捉取，从而蜘蛛无法比较有效的爬行整个网站而产生的一个比较严重的错误。网站的文章页是做网站推荐内链一个比较不错的地方，但是这是一把双刃剑，其推荐的链接应该是具有推荐意思，而且建议不要设置过多。有些人比较的喜欢将其链接回首页，个人感觉这样做是比较的不妥当的，也发现一些这样的案例，但是因为这样的案例同时包含很多的作弊或者过度的因素，所以的话一时未能比较肯定的说出这样做法的一些弊端。
对于站外的话，主要指的就是友情链接了。友情链接应该来说是一项比较好的双赢双惠的友好局面。但是这个也是一把双刃剑，如果友站被惩罚的话，那么百度很快的就能够顺着友情链接的关键词来进行寻找相关的网站，并对该网站进行判定是否是惩罚的对象。对于群发外链是否会对网站造成一个比较严重的后果，这方面个人保留意见。但是对于站外因素的话，应该来说考虑得更加多的应该是友情链接。除了站内、站外的话，还有一些是客观上面的原因，这方面原因的话，我们似乎是比较的无能为力的。比如说同ip网站被k掉，比如说百度算法的更新，比如说服务器突然出现故障。面对应这些问题的话，我们只能祈求这些是一些小概率事件，不会降临到我们头上了。